m7G RNA甲基化測序服務(wù)

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m7G RNA甲基化測序服務(wù)

英拜生物可為客戶提供m7G meRIP-seq、 m7G TRAC-Seq測序服務(wù),在轉(zhuǎn)錄水平全面研究tRNA, mRNA發(fā)生m7G的片段或位點。
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        m7G甲基化(N7-甲基鳥苷)是存在于tRNA、rRNA和mRNA 5’cap中最豐富的修飾之一,在調(diào)控RNA加工、代謝和功能方面具有重要作用。除了存在于mRNA 5’帽子位置,最近Cell、Mol Cell等雜志文章研究表明m7G也存在于mRNA內(nèi)部區(qū)域【1,2】,m7G作為一種新的表觀轉(zhuǎn)錄組修飾在mRNA翻譯過程具有重要調(diào)節(jié)作用。英拜生物可為客戶提供m7G meRIP-seq、 m7G TRAC-Seq測序服務(wù),在轉(zhuǎn)錄水平全面研究tRNA, mRNA發(fā)生m7G的片段或位點。

實驗流程


研究案例
一、QKI將內(nèi)部發(fā)生m7G修飾的轉(zhuǎn)錄本送入應(yīng)激顆粒并調(diào)節(jié)mRNA代謝(Cell,2023)
        研究人員發(fā)現(xiàn)mRNA內(nèi)部的m7G可被Quaking蛋白(QKIs)選擇性地識別。通過m7G meRIP-seq、RIP-Seq篩選分析,作者鑒定到1000多個的高置信度m7G修飾和QKI結(jié)合的mRNA結(jié)合位點,這些位點具有保守的 "GANGAN(N=A/C/U/G)"motif序列。更為重要的是,在應(yīng)激條件下,QKI7(通過C端)與應(yīng)激顆粒(SG)核心蛋白G3BP1相互作用,并將內(nèi)部發(fā)生m7G修飾的轉(zhuǎn)錄本穿梭到SG中,以調(diào)節(jié)mRNA的穩(wěn)定性和翻譯。QKI7通過減弱了Hippo信號通路中重要基因的翻譯效率,使得癌細(xì)胞對化療敏感??偟膩碚f,作者發(fā)現(xiàn)一種RNA修飾調(diào)控新途徑:QKI通過結(jié)合mRNA 內(nèi)部m7G修飾位點從而調(diào)節(jié)目標(biāo)mRNA的代謝和細(xì)胞耐藥。

1、細(xì)胞質(zhì)mRNA內(nèi)部具有豐富的m7G RNA甲基化修飾


2、QKIs是mRNA內(nèi)部m7G甲基化修飾的結(jié)合蛋白


3、應(yīng)激條件下QKI6, QKI7與已經(jīng)蛋白G3BP1結(jié)合


4、應(yīng)激條件下QKI7將內(nèi)部發(fā)生m7G修飾的mRNA運送至應(yīng)激顆粒


5、應(yīng)激條件下QKI7調(diào)控內(nèi)部發(fā)生m7G修飾的mRNA穩(wěn)定性及翻譯效率

     


二、METTL1介導(dǎo)的Arg-TCT tRNA m7G修飾驅(qū)動癌基因翻譯(Mol cell, 2021)
        RNA甲基轉(zhuǎn)移酶METTL1催化tRNA發(fā)生N7-甲基鳥苷(m7G)RNA甲基化修飾。作者發(fā)現(xiàn)METTL1敲除會導(dǎo)致m7G修飾的tRNA豐度降低,并抑制致癌。相反,METTL1過表達會誘導(dǎo)致癌細(xì)胞生長和腫瘤進展。在分子機制方面,作者發(fā)現(xiàn)m7G修飾的tRNA豐度增加,特別是Arg-TCT-4-1,促進富含相應(yīng)AGA密碼子的mRNA翻譯。并且單個tRNA Arg-TCT過表達會誘導(dǎo)腫瘤惡化。METTL1介導(dǎo)的tRNA修飾通過重塑mRNA "translatome "來增加促生長蛋白的表達,從而驅(qū)動致癌轉(zhuǎn)化,表明該分子是一個很有前景的抗癌靶點。

1、METTL1促進腫瘤細(xì)胞生長及成瘤


2、METTL1敲除減少m7G修飾 tRNA表達水平并影響RNA整體翻譯


3、METTL1/WDR4過表達促進m7G修飾的Arg-TCT tRNA豐度增加



4、Arg-TCT tRNA 促進腫瘤進展



樣本
提供2-10ug mRNA或100ug的總RNA。


生信分析內(nèi)容

  • 數(shù)據(jù)過濾和質(zhì)量控制

  • 基因組比對(Mapping)

  • Peak Calling

  • Peak 注釋

  • Motif分析

  • 組間差異Peak分析、注釋

  • 差異基因GO/KEGG分析


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